Biological databases and data standards

Organizations and projects

• Biodiversity Information Standards (wikipedia)
  • Darwin core standard, extension of Dublin core general meta-data standard
  • ABCD standard
• GBIF: international organisation: advises to use either Darwin core or ABCD for biological meta-data
  • OBIS: marine node of GBIF
    • OBIS seamap
    • EuroOBIS: European node of OBIS.
  • NLBIF: Dutch node of GBIF. Note that Dutch marine data covered both by NLBIF and EurOBIS, so a choice needs to be made, perhaps EurOBIS is preferred.
• ICES
  • Ecosystem Data: data collection
    • DATRAS : data collection (ICES DATabase of TRAwl Surveys)
    • DOME : data collection (contaminants in fish)
    • STOMACH DATA: data collection
  • ECOSYSTEM Data Map : portal, warehouse containing marine environmental data from the ICES databases
    • ICES FISHMAP: portal (online atlas of North Sea Fish)
• ESAS : data collection (JNCC European Seabirds at Sea)
• EcoGRID: technology
  • Logisch Datamodel voor Release v1 (Dutch)
  • Logisch Datamodel voor Release v3 (Dutch, draft)
    • data standards
    • data mobilization
    • data interoperability
• GAN: Dutch authority
  • NDFF: database maintained by GAN (databases). Note that NDDF is not specified according to NLBIF standards, but an export facility is foreseen (heard through grapevine).
• VOFF: data collection, NDFF stores information of various collecting organisations (i.e. FLORON, SOVON, RAVON, EIS, ...)
• waarneming.nl: web 2.0 data gathering
• institutes
  • UvA-IBED: institute with biology
  • IMARES: institute with marine biology
  • Alterra: institute with non-marine biology
  • NIOZ: institute with marine biology
  • NIOO: institute with biology
  • Deltares: institute with biology division
  • Informatiehuis Marien: Het Informatiehuis Marien (IHM) is een gemeenschappelijk initiatief van de ministeries van Economische Zaken, Landbouw & Innovatie (EL&I), Infrastructuur en Milieu (IenM) en Defensie om de verschillende informatievragen die binnen de mariene partners bestaan, te bundelen en te vereenvoudigen.  
• EU projects:
  • ur-EMODNET biology lot: pan-european marine biology portal node of EMODNET. Viewing service build on top of EurOBIS database (see above).
  • LifeWatch: project
  • flysafe: project
  • marbef: EU project
  • VECTORS: EU project
  • MESMA: EU project
• Dutch projects:
  • Ecoshape Bulding with Nature: project
  • PMR-NCV: Natuur Compensatie Voordelta
• Telmee: data gathering (only with free login)
• WaLTER (nog geen website, voor info zie Nieuwsbrief Emares): Waddenfonds project om alle (a)biotische data van de Waddenzee te ontsluiten, te analyseren en de monitoring te herdefinieren.
• Society for the Management of Electronic Biodiversity Data
• NODC NL: consortium voor (a)biotische oceanografische data
• Thomson Reuters Biologybrowser
• Waddenbarometer : trends van (a)biotische en gebruiksindicatoren in het waddengebied.
• vogeltrekstation
• Standard lists we know of, please add if you know more.
  • Species2000
  • Encyclopedia of Life
  • WoRMS marine species
  • GeoBON
  • PESI
  • TWNLIST from IDsW/IHW. _Aquo-domeinlijsten, de standaard in waterbeheerland. Merk op dat de Aquo-standaarden zich meer bezig houden met op waterkwaliteit dan met ecologie, en dat de TWN-lijst zich dus
    lijkt te concentreren op indicatorsoorten daarvoor. Ook de soortgroepen hebben veel detail in algen, diatomen, plankton en aquatische ongewervelden, terwijl hogere planten en insecten anders dan vlinders helemaal lijken te ontbreken. Zo'n 16000 soorten._
  • CBS Natuurcompendium. Heeft genummerde soortgroepen en soorten, maar wordt waarschijnlijk al een aantal jaren niet meer onderhouden. Uitgebreide versies van deze soortcodes worden door een aantal PGO's gebruikt. Bij gebrek aan centrale regie ontstaat verwarring over de uitbreidingen.
  • Euring number: birds
  • Soortenbank.nl used by NLBIF, about 5000 species, no species groups.
  • Nederlands Soortenregister maintained by NCB Naturalis. De officiële Nederlandse beschermde-soortenlijsten (Flora- en Faunawetlijsten) van het ministerie zijn hieraan gekoppeld, en het is de Nederlandse node van de Encyclopedia of Life. De meest officiële soortenlijst die we hebben denk ik, en Naturalis heeft een uitgebreid netwerk van experts die de lijst onderhouden. Ook de NDFF sluit hier op aan. Met zo'n 45000 soorten de eest uitgebreide lijst, maar geen soortgroepen anders dan de taxonomische indeling.
  • _ Zeslettercodes, meestal gespeld als zes hoofdletters die samen een afkorting geven van de wetenschappelijke naam van een soort. In gebruik bij een aantal PGOs, maar ik weet niet of ze ook nog voor nieuwe gegevens worden gebruikt._
  • Nederlandse Fauna "De Nederlandse biodiversiteit deel 10 Naar ik begrijp overwegen de beheerders van de NDFF-taxonomie om de huidige (ad-hoc in elkaar geknutselde) soortgroepen te vervangen door een reeks soortgroepen gebaseerd op de indeling hierin; en dat is ook wel logisch aangezien dit boek ook bij Naturalis vandaan komt (one of the auteurs is a coördinator of the Soortenregister.)