Meren

De meren waarop deze indeling van toepassing is zijn IJsselmeer, Markermeer (inclusief Gouwzee en IJmeer), Zwarte Meer, Ketelmeer, Vossemeer, Drontermeer, Veluwemeer, Wolderwijd, Nuldernauw, Nijkerkernauw, Eemmeer, Gooimeer in het 'natte hart' en het Volkerak en Zoommeer in het Deltagebied. Er worden 12 ecotopen onderscheiden. De stroomsnelheid van alle klassen varieert van stagnant tot stromend en de aanwezigheid van dynamiek is dus beperkt en wordt daardoor vooral gekenmerkt door sedimentatie en transportprocessen.

Zeer diep water

De ecotoopklasse zeer diep water omvat alle delen die bij een gemiddeld zomerpeil dieper zijn dan 5 meter. Fytoplankton is de belangrijkste primaire producent in zeer diep water. In successie van planktonsoorten speelt stratificatie een belangrijke rol. Voorafgaand aan stratificatie domineren vaak kiezelwieren. Met het inzetten van stratificatie nemen sedimentatieverliezen van kiezelwieren naar het diepe, ongemengde deel van de waterkolom toe. De concurrentiekracht verschuift naar mobiele soorten die sedimentatieverliezen minimaliseren. Mobiliteit kent twee vormen in het fytoplankton: zwemmen met behulp van flagellen (flagellaten) of drijven middels gas-vacuolen (bijvoorbeeld Microcystis aeruginosa). Een bijzondere aanpassing aan diepe meren met langdurige stratificatie is groei op de spronglaag. Het betreft hier vaak draadvormende blauwwieren met rode pigmenten, bijvoorbeeld Planktothrix rubescens, die zijn aangepast aan overleven onder lage licht condities. Als gevolg van de diepte worden er geen waterplanten aangetroffen. De bodemfauna bestaat uit tweekleppigen, wormen en muggenlarven. De bedekking aan driehoeksmosselen (Dreissena polymorpha) is doorgaans laag. Als gevolg van de diepte en de relatief slechte conditie van de dieren is de bodemfauna moeilijk te benutten door vogels. In bepaalde watersystemen komt zooplankton-etende spiering talrijk voor. De diepe delen vormen ook het habitat van soorten die gebaat zijn bij een lage temperatuur, zoals kwabaal en houting (de Nie, 1996) Snoekbaars neemt in de diepere delen vaak de plaats in van snoek als toppredator bij vissen, doordat de snoekbaars zeer lichtgevoelige ogen heeft en daarnaast bij de jacht gebruik maakt van reuk en trillingen. In de gedeelten van meren die een schakel vormen tussen de rivieren en zee komen trekvissen voor, zoals de zeeforel. De aanwezige vis, vooral de kleinere exemplaren, vormt een voedselbron voor een aantal visetende vogels.

Diep water

De ecotoopklasse diep water omvat alle delen die bij gemiddeld zomerpeil tussen de 3 en 5 meter diep zijn.De ecologische beschrijving van diep water komt grotendeels overeen met die van zeer diep water. Kolonievormende blauwwieren komen hier ook voor en profiteren van microstratificatie. In eutrofe meren met een korte verblijftijd verschijnt het kiezelwier Stephanodiscus hantzschii, terwijl in de meer stagnante, mesotrofe systemen Diatoma tenuis wordt aangetroffen. Hier en daar is vegetatie aanwezig, maar als gevolg van lichtgebrek is de bedekking laag. Het is voor enkele duikeenden, met name kuifeend en tafeleend, nu wel energetisch interessant om te foerageren op bodemfauna, zoals de driehoeksmosselen.

Matig diep water

Die delen van meren die bij gemiddeld zomerpeil tussen de 1 en 3 meter diep zijn vallen in de ecotoopklasse 'matig diep'. De ecotoopklasse matig diep water en ondiep water komen mobiele fytoplanktonsoorten minder vaak voor. Het voorkomen van Microcystis lijkt beperkt tot periodes met een uitzonderlijk hoge watertemperatuur. Kenmerkend voor ondiepe, troebele systemen zijn draadvormende blauwwieren, met Planktothrix agardhii als meest aansprekende soort. Deze blauwwieren bezitten net als Microcystis drijfvermogen, maar zetten dit als gevolg van een lage migratiesnelheid nauwelijks om in een verticale beweging. Planktothrix wint de competitie van andere soorten op basis van superieur oogsten en verwerken van lichtenergie. De soort is afhankelijk van troebele condities, die de soort grotendeels zelf creëert door een hoge biomassa te onderhouden. Hierin ligt de afhankelijkheid van een hoge nutriëntenbelasting, terwijl Microcystis ook in minder voedselrijke situaties voorkomt. Matig diep water heeft een belangrijke betekenis voor bodemfauna en vissen. Van de bodemfauna-etende vissoorten is de brasem wellicht het bekendst. Het woord 'verbraseming' doet vermoeden dat hij in troebel water goed gedijt, maar de conditie van brasem is in dergelijke wateren vaak slecht. De brasem is in feite een kenmerkende soort in plantenrijke, heldere wateren met voldoende open zwemruimte (de Nie, 1996). Ook duikeenden foerageren op de bodemfauna. Overigens wordt in deze ecotoopklasse een soort als de toppereend slechts in enkele (delen van) watersystemen aangetroffen. Vermoedelijk speelt de factor openheid of verstoring hierbij een rol.

Afhankelijk van de helderheid van het water kunnen uitgebreide vlakten met ondergedoken waterplanten ontstaan. De waterplanten zijn dan de belangrijkste primaire producenten. De velden met waterplanten bestaan voornamelijk uit kranswieren en fonteinkruiden (kranswiergemeen-schappen Charetea fragilis en ondergedoken fonteinkruidengemeenschappen; Schaminee et al., 1995; CUR, 1999b). De waterplantenvelden bieden zoöplankton, met name de grotere watervlooien, beschutting tegen predatie. Op en tussen de waterplanten komt een rijke fauna aan ongewervelden voor. Allerlei slakken-soorten en andere schrapers doen zich te goed aan fytoplankton en bacteriën die zich op de planten hebben gevestigd. Tussen de planten bevinden zich kreeftachtigen, muggenlarven, kokerjuffers en haften en allerlei carnivore ongewervelden, zoals wantsen, kevers, libellenlarven, bloedzuigers en platwormen. Diverse vogels foerageren op de waterplanten. Op fonteinkruiden (en de ongewervelden daartussen) foerageert onder meer de meerkoet en op de kranswieren de krooneend. De waterplanten bieden het visbroed schuilgelegenheid tegen roofvissen en een rijk voedselaanbod van onder andere watervlooien. Het snoekbroed houdt zich schuil tussen de waterplanten en de oudere snoek jaagt vanuit de ijlere begroeiing of in het open water op witvis en reguleert de hoeveelheid witvis(broed). De bodemfauna is globaal vergelijkbaar met het zeer diep en diep open water maar is door het meer diverse voedselaanbod in het algemeen soortenrijker en bestaat vooral uit mollusken, insectenlarven, wormen en kreeftachtigen.  De ongewervelden vormen het voedsel voor vissen en voor watervogels.

Ondiep water

Delen ondieper dan 1 meter, maar tot een minimum diepte van 0.3 meter bij gemiddeld zomerpeil, worden gerekend tot de ecotoopklasse 'ondiep'. Het ondiep water heeft, evenals het matig diep water, een belangrijke betekenis voor bodemfauna en vissen. Hoewel driehoeksmosselen boven de dieptelijn van 1 meter vrijwel ontbreken, is dit gebied voor duikende bodemfauna-etende watervogels van grote betekenis als rustgebied, met name welke in de beschutting van oevers gelegen zijn. Wel worden visetende vogels foeragerend aangetroffen. Ondergedoken en drijvende waterplanten kunnen voorkomen, omdat licht relatief gemakkelijk de bodem bereikt. Drijvende waterplanten zoals gele plomp en witte waterlelie zullen op luwe locaties in het ondiep open water voorkomen. Bij aanwezigheid van uitgestrekte velden met waterplanten zijn deze waterplanten de belangrijkste primaire producenten. De habitatdiversiteit zal groter zijn dan in dieper water. Het gebied fungeert als paai- en opgroeigebied voor diverse vissoorten. Soorten als spiering en kwabaal zullen enkel voor het paaien van de oevers gebruik maken. Eerstgenoemde paait vooral op harde oevers, zoals dijktenen. De bittervoorn is voor zijn voortplanting afhankelijk van het voorkomen van grote zoetwatermosselen, waarin eieren worden gelegd en de larven de eerste levensfase doormaken. De kleine modder-kruiper wordt vooral aangetroffen in zandige oevers (de Nie, 1996). Op de fonteinkruiden (en de ongewervelden daartussen) foerageren diverse watervogels, zoals kleine zwanen en grondeleenden. Begrazing door herbivore vogels kan enerzijds een grotere diversiteit aan soorten waterplanten opleveren, maar anderzijds in ieder geval lokaal/tijdelijk beperkingen aan de ontwikkeling en/of het voorkomen van waterplanten opleggen. Ook helofyten als riet, biezen, zeggen en lisdodden kunnen worden aangetroffen (bijvoorbeeld Riet-associatie Typho-Phragmitetum, Mattenbies-associatie Scirpetum lacustris; Schaminee et al., 1995). Zones met helofyten zijn sterk gerelateerd aan peilfluctuaties (Coops, 1996). Zo komt de grote lisdodde nu weinig voor in de grote meren als gevolg van de geringe peilfluctuaties. Een libellensoort als Coenagrion pulchellum en de oeverspin Dolomedes plantarius zijn kenmerkend voor een rijk gevarieerde oevervegetatie in combinatie met een goede waterkwaliteit. Helofyt-velden worden als broedgebied gebruikt door onder meer futen, eenden, ral- en reigerachtigen, bruine kiekendief en kleinere vogels als de grote karekiet. Ook diverse amfibieën maken gebruik van helofytenzones.

In meren zijn voor alle diepten de volgende soorten representatief (deze soorten worden niet apart vermeld in de mondriaanfiguren):