De voorgestelde peilverhoging van het IJsselmeer is zeer kostbaar (schatting ruim 6 miljard), omdat langs het gehele IJsselmeer en een deel van de IJssel niet alleen dijken moeten worden verhoogd en versterkt, maar ook allerlei voorzieningen in bijvoorbeeld jachthavens moeten worden aangepast en de bescherming van historische steden langs het IJsselmeer voor extra problemen zorgt. Daarnaast is het meestijgen van het IJsselmeerpeil met het zeepeil een tijdelijke situatie aangezien bij een verder gaande zeespiegelstijging men alsnog zal moeten pompen. Daarnaast levert het hoge IJsselmeerpeil ook een verhoogde kweldruk in de omringende polders die extra bemalen zullen moeten worden om droog te blijven (extra pompen dus).