De kanalen worden onderverdeeld in zoete en brakke kanalen. Voor de zoete kanalen worden 8 ecotopen en 10 eco-elementen onderscheiden. De ecotoopindeling voor zoete kanalen is van toepassing op Van Harinxma Kanaal, Prinses Margrietkanaal, Van Starkenborch Kanaal, Eemskanaal, Winschoterdiep, Noord Willemskanaal, Drentse Hoofdvaart, Meppelerdiep, Overijssels Kanaal, Twente Kanaal, Noordhollands Kanaal, Amsterdam-Rijnkanaal, Merwede Kanaal, Maas-Waalkanaal, het noordelijke deel van het Schelde-Rijnkanaal, Wilhelminakanaal, Zuid-Willemsvaart, Noordervaart, Kanaal van Wessem-Nederweert en Julianakanaal. De brakke kanalen omvatten 9 ecotopen waarin in totaal 10 eco-elementen kunnen worden teruggevonden. De brakke kanalen waarop de ecotopenindeling van toepassing is, zijn Noordzeekanaal, het zuidelijke deel van het Schelde-Rijnkanaal en Kanaal van Gent naar Terneuzen. Voor de laatste twee kanalen is de indeling alleen van toepassing op de Nederlandse delen.
Zowel de zoete als brakke kanalen worden gekenmerkt door een lichtklimaat waarbij, gestuurd door relatief hoge slibconcentraties, dieper dan 2 meter geen waterplanten worden verwacht, als ook door een zeer sterke tot matige (antropogene) mechanische dynamiek als gevolg van scheepvaart. Voor de brakke kanalen zijn zoutconcentraties en zuurstofloosheid, als gevolg van beperkte menging van het water, ook belangrijke stuurvariabelen. Net zoals bij de andere watertypen van het RWES-aquatisch, worden de ecotopen primair ingedeeld op waterdiepte.
=> In het rapport dat het RWES-aquatisch beschrijft (van der Molen et al., 2000) ontbreken de soortbeschrijvingen voor kanalen als geheel als ook die voor de aparte ecotopen.
Zeer diep water
Brak water
De ecotoopklasse zeer diep water komt enkel voor in brakke wateren en omvat alle delen in kanalen die permanent dieper zijn dan 10 meter. Over de horizontale (lengte) richting neemt het chloridegehalte toe in de richting van de zee. Over de verticaal ontstaat er een gelaagdheid in het chloridegehalte, waarbij de laag net boven de bodem ('zouttong') een hoger chloridegehalte heeft dan de waterlagen daarboven. De ligging van de zoutgradiënt wordt met name bepaald door de water aan- en afvoer in een kanaal. De verversingssnelheid van een waterlichaam is in dit ecotoop van belang, omdat, als gevolg van het uitzakken van veel organisch materiaal, de zuurstofvoorraad in de zouttong uitgeput kan raken. In de zouttong komen dan geen vissen of bodemfauna van enige betekenis voor. Bij voldoende verversing van de zouttong (in de buurt van de sluizen) bevat de diepe zouttong voldoende zuurstof, waardoor leven in en boven de bodem mogelijk is; op de bodem kunnen borstelwormen en kreeftachtigen voorkomen.
De zoutgradiënten veroorzaken zowel horizontale als verticale variatie in de verspreiding van fytoplankton-, zoöplankton-, macrofauna- en visgemeenschappen. In de buurt van de sluizen worden de mariene en brakwater soorten aangetroffen, meer landinwaarts kan het aandeel zoetwatersoorten sterk toenemen als gevolg van de aanvoer van zoet water. In het Noordzeekanaal loopt deze gradient van 0,5 CI/I bij Amsterdam tot 6 CI/l bij IJmuiden. Uit onderzoek aan dit kanaal is gebleken dat bepaalde plankton- en macrofaunasoorten (met name de brakke soorten) als 'kanaal-eigen' kunnen worden beschouwd: deze soorten komen namelijk niet voor in de aanvoerende zoete of zoute wateren. In het Noordzeekanaal komen daarnaast ook typische Zuiderzee-relicten voor, zoals het zuiderzeekrabbetje (Rithropanopeus harrisii) en de borstelworm (Streblospio shrubsolii).
Door afwezigheid van waterplanten is fytoplankton de belangrijkste primaire producent. De hoogte van de biomassa is afhankelijk van de voedselrijkdom, de beschikbaarheid van licht en de verblijftijd van het water. In de diepere waterlagen vindt (praktisch) geen primaire productie plaats door gebrek aan licht. Hier vindt afbraak plaats van het bezonken organisch materiaal, waardoor het zuurstofgehalte (weinig bij menging) daalt. Bij de aanwezigheid van voldoende zuurstof bestaat de bodemfauna uit kreeftachtigen (vlokreeften en garnalen) en wormen van brakke of zoute milieu's zoals de zeeduizendpoot (Nereis spec). Op een diepte groter dan 10 meter zijn tweekleppigen nagenoeg afwezig. De visfauna dicht bij zee bestaat uit zoutwatervissen, zoals bot, dikkopje, steenbolk, tong en haring en trekvissen als paling, zeeprik, rivierprik en zeeforel. In de hogere en minder brakke waterlagen verder landinwaarts komen ook snoekbaars, brasem en blankvoorn voor. De aanwezige vis vormt een voedselbron voor visetende watervogels als aalscholver, grote zaagbek, nonnetje en fuut.
Diep water
De ecotoopklasse diep water omvat die gebieden die permanent tussen de 2 en 10 meter diep zijn. Al het diepe water is gekenmerkt door een zeer sterke tot matige (antropogene) mechanische dynamiek als gevolg van de scheepvaart. Er wordt aangenomen dat mechanische dynamiek het voorkomen en samenstelling van biota bepaald, waardoor er voor deze diepte klasse geen ecotopen onderscheiden worden op basis van het bodemtype. Een kanttekening is wel dat mogelijk slibbodems van andere bodemtypes verschilt door de afwezigheid van kreeftachtigen, muggenlarven en tweekleppigen en de aanwezigheid van wormen. Door de beperkte lichtdoordringing is fytoplankton in de bovenste waterlagen de belangrijkste primaire producent. De hoogte van de biomassa is afhankelijk van de voedselrijkdom en de beschikbaarheid van licht.
Zoet water
De bodemfauna bestaat uit tweekleppigen, kreeftachtigen, muggenlarven en wormen. In slibrijke delen komen vooral wormen voor. Bodemfauna-etende vissoorten bestaan onder meer uit blankvoorn, brasem, pos en paling. Roofvissen van het diepe open water zijn baars, snoekbaars en grote exemplaren van de snoek. De aanwezige vis vormt een voedselbron voor viseters als aalscholver, grote zaagbek, nonnetje en fuut. Duikeenden als kuifeend en tafeleend foerageren op bodemfauna tot een diepte van circa 5 meter.
Brak water
Door de horizontale en verticale zoutgradiënt bestaat de fytoplanktonpopulatie uit brakwatersoorten die, afhankelijk van de afstand tot zee, daarnaast meer zoutwater- dan wel zoetwatersoorten omvat. Deze gradient is ook zichtbaar in de macrofaunasamenstelling en het meer of minder voorkomen van vissoorten van zoet of brak water. De onderlaag van het diepe water is meestal permanent brak. In het diepe water van brakke kanalen komt de visstand grotendeels overeen met die van het zeer diepe water. De aanwezige vis vormt een voedselbron voor viseters als aalscholver, grote zaagbek, nonnetje en fuut. Duikeenden als kuifeend en tafeleend eten bodemfauna tot op een diepte van circa 5 meter. De bodemfauna bestaat uit tweekleppigen, kreeftachtigen, muggenlarven en borstelwormen. Bij slibbodems overheerst laatstgenoemde groep.
Matig diep water
De ecotoopklasse matig diep water betreft kanaalwater dat tussen de 1 en 2 meter diep is en wordt gekarakteriseerd door een sterke tot geringe dynamiek. Bij een sterke dynamiek als gevolg van scheepvaart is de waterbodem veelal verdedigd met bijvoorbeeld asfalt of blokkenmatten. Op deze verdedigingen komt veel macrofauna voor. De bodem van minder dynamische delen zijn veelal niet verdedigd en kunnen bestaan uit verschillende bodemtypen. Ook achter een vooroeververdediging komt deze ecotoopklasse voor, waarbij onderscheid gemaakt wordt in een gesloten en open vooroeververdediging. Bij een open vooroeververdediging is er uitwisseling met het water van het kanaal en kan er enige stroming achter de verdediging optreden. De bodem achter een verdediging is vaak niet ook nog verdedigd. Als gevolg van vooroeververdediging heeft vegetatie meer kans, maar er kan ook een belemmerende sliblaag aanwezig zijn.
Zoet water
Zowel op de zeer dynamische plaatsen als op dikke slibbodems groeien geen waterplanten. Het voorkomen van waterplanten kan wel slibinvang in de hand werken. Uit onderzoek aan de oeverfauna van het Noordhollands Kanaal is gebleken dat langs de oevers macrofauna vrijwel alleen wordt aangetroffen tussen/op vegetatie en op hard substraat. Voorbeelden van macrofaunasoorten die in kanalen worden aangetroffen zijn driehoeksmossel, Caenis horaria, Nais barbata, Potamothrix moldaviensis, Arrenurus globator, Limnesia undulata, Limnesia maculata, Piona coccinea, Tanypus kraatzi, Endochironomus gr. albipennis, Acroloxus lacustris, Erpob-della testacea en Helobdella stagnalis. Daarnaast kunnen op verharde delen epipelische kiezelwieren worden aangetroffen. Op kale, onverdedigde bodem komt langs de oever nauwelijks macrofauna voor en op slibbodems komen alleen wormen voor. Voor vissen zal het water zonder waterplanten weinig te bieden hebben: voedsel en paaiplaatsen komen niet of zeer beperkt voor.
Achter een vooroeververdediging is de dynamiek ten gevolge van golfslag veel minder en heeft vegetatie veel meer kans. Eutrofe omstandigheden in combinatie met een gesloten vooroeververdediging waar stroming ontbreekt zijn slechte leefomstandigheden voor waterplanten: perifyton-groei en slib op bladeren verminderen de beschikbare hoeveelheid licht voor de plant, hetgeen de overlevingskansen vermindert. Wanneer er een open vooroeververdediging is, kan de stroming als gevolg van scheepspassage de aanwezige vegetatie (ondergedoken waterplanten of drijfbladplanten) schoon spoelen van slib. Waterplanten bieden zooplankton beschutting tegen predatie en op en tussen de waterplanten komt een rijke fauna van ongewervelden voor. De bodemfauna heeft deels overeenkomsten met de macrofauna van het diepe water, maar is door de grotere diversiteit aan voedsel meestal soortenrijker. De waterplanten bieden paaiplaatsen voor vis en schuilgelegenheid voor visbroed. Daarnaast foerageren diverse watervogels op waterplanten zoals knobbelzwaan en meerkoet.
Brak water
Dit ecotoop komt over het algemeen alleen voor langs oevers van kanalen zonder een vooroeververdediging. Bij afwezigheid van een vooroeververdediging is, als gevolg van een te grote morfodynamiek door golfwerking geen sliblaag aanwezig. Het ecotoop kan echter ook voorkomen in een natte strook achter een (bijna) dichte vooroeververdediging, wanneer zich hierin een dikke laag slib heeft opgehoopt of op andere plaatsen met weinig tot geen morfodynamiek. Zowel op zeer dynamische plaatsen als op dikke slibbodems kunnen geen waterplanten groeien. Wel komen op zacht substraat (slib) borstelwormen voor.
Ondiep water
Ondiep water betreft kanaalwater dat tussen 1 en 0,3 meter diep is. Binnen dit ecotoop is er geen klei als substraat aanwezig, vermoedelijk als gevolg van erosie tot slib. De eco-elementen liggen vooral in de ondiepere en weinig dynamische delen. Echter, driehoeksmosselen kunnen zich ook handhaven in een meer dynamisch milieu door aanhechting op hard substraat. Vegetatie (ondergedoken waterplanten of drijfbladplanten) is in kanalen nagenoeg alleen mogelijk in een natte strook achter een vooroeververdediging. Vegetatie zal niet snel ontstaan op een slibbodem, maar bestaande vegetatie kan in de ondiepe delen wel goed veel slib invangen. Helofyten komen voor op de overgang van land naar water tot een diepte van circa 1 meter. In de brakke kanalen is het chloridegehalte van deze delen van het water praktisch altijd < 3 g Cl/l.
Zoet water
In het ondiepe water en op de drassige overgang van water naar land komen diverse helofytensoorten. Vanaf een breedte van ongeveer 0,5 meter wordt de zone ecologisch relevant. Wanneer de breedte beperkt is, kan de helofytenzone als broedgelegenheid fungeren voor weinig veel-eisende watervogels zoals fuut, wilde eend en kleine karekiet. Bij een grotere breedte zijn er mogelijkheden voor veeleisende soorten als grote vuurvlinder (Lycaena dispar ssp. batava), de libel beekrombout (Gompus vulgatissimus), enkele spinnen (Donacochara speciosa en Tetragnatha striata), diverse zoogdieren (noordse woelmuis en waterspitsmuis) en vogels (snor, baardmannetje, bruine kiekendief en roerdomp). In brede natte stroken kan zich een soortenrijkere helofytengordel vestigen dan in smalle natte stroken. Het ecotoop heeft verder een belangrijke functie als paai- en opgroeigebied voor allerlei vissoorten (waaronder de snoek) en als biotoop voor een soortenrijke macrofaunagemeenschap.De levensgemeenschap van het ondiepe water zonder begroeiing (en zonder verharde bodem) zal slechts bestaan uit de beperkte aanwezigheid van vissoorten van het dieper water. Verder is de soortenrijkdom van de helofytenvegetatie afhankelijk van het beheer. Wanneer exploitatie van de vegetatie plaatsvindt, worden de zones vaak gedomineerd door riet of mattenbies. Bij meer natuurlijk beheer komen daarnaast ook soorten voor als grote egelskop en grote en kleine lisdodde.
Brak water
Ondiep brak water met waterplanten kan in kanalen vrijwel alleen voorkomen op luwe plaatsen in havens of in een natte strook achter een open vooroeververdediging. De stroming van scheepspassage zorgt ervoor dat in de luwe, slibrijke delen, de planten van slib en perifyton worden ontdaan. In de ondiepe oeverzone vormen waterplanten de belangrijkste primaire producenten. Karakteristieke plantensoorten in brakke kanalen zijn onder meer snavelruppia, zannichellia, darmwier, zilte en stijve waterranonkel en schedefonteinkruid. De waterplanten bieden het zooplankton beschutting tegen predatie. De bodemfauna heeft deels overeenkomsten met de macrofauna van het diep water, maar is door de grotere diversiteit aan voedsel meestal soortenrijker. Voorbeelden van macrofauna van brakke kanalen zijn Nereis diversicolor, Nais elinguis, Tubifex costatus, Neomysis integer, Rhithropanopeus harissii tridentatus, Telmatogeton spec, Mytilopsis leucophaeta, Potamopyrgus antipodarum, Cyathura carinata, Balanus improvisus en Ephydatia fluviatilis. De waterplanten bieden paaiplaatsen voor vis en schuilgelegenheid voor visbroed. Daarnaast foerageren diverse watervogels als knobbelzwaan en meerkoet op de vegetatie. Onverdedigde ondiep water gebieden hebben door de heersende grote morfodynamiek, weinig waarde voor de macrofauna. Het ecotoop is derhalve niet geschikt voor een ontwikkelde macrofaunagemeenschap. Voor vissen zal dit ondiepe water zonder waterplanten weinig te bieden hebben: voedsel en paaiplaatsen komen niet of zeer beperkt voor. De levensgemeenschap van het ondiepe water zonder begroeiing (en zonder verharde bodem) zal slechts bestaan uit de beperkte aanwezigheid van vissoorten van het dieper water.
Ook hier kunnen in de drassige overgang van water naar land diverse helofytensoorten voorkomen waarbij het voorkomen van de soorten vogels hetzelfde is als bij ondiepe, zoete kanalen: fuut, wilde eend en kleine karekiet (weinig veeleisend) en snor, baardmannetje, bruine kiekendief en roerdomp (veeleisend). Daarnaast hebben de ondiepe, brakke kanalen eveneens een belangrijke functie als paai- en opgroeigebied voor allerlei vissoorten (waaronder de snoek) en als biotoop voor een soortenrijke macrofaunagemeenschap. Afhankelijk van het beheer (meer of minder intensief, exploitatie van riet/ biezen) is de helofytenvegetatie meer of minder soortenrijk. Bij natuurlijk beheer kunnen riet, ruwe bies en zeebies worden aangetroffen. In brede natte stroken (> 3 meter) kan zich een soortenrijkere helofytengordel vestigen dan in smalle natte stroken.
