De ontwikkeling van de software omvat drie modulen. In Module 2 komen de complexe zaken aan de orde. Dat betreft hoofdzakelijk het inbrengen c.q. vastleggen van ‘niet-REGIS’ lagen (‘weet-het-beter’ lagen dan wel ‘verrijkt’ lagenmodel e.d.) en de omgang met breuken, alsmede het betrekken van ‘niet-REGIS’ lagen bij de samenstelling van een GLM.
